生活中，大多数人使用牙签不科学。其实，牙签的使用也要讲究科学方法，方法得当，不但能帮助剔除嵌塞在牙缝中的食物残渣，还可清除牙齿邻面的牙菌斑，预防龋齿和牙周疾病；方法不当，则会损伤牙龈黏膜、龈乳头，导致牙龈乳头发炎、牙龈萎缩、牙间隙增大而导致牙周疾病。
首先，牙签不能滥用。牙签一般是在牙龈乳头萎缩、牙间隙较大的情况下使用，以牙签尖端能顺利通过牙间隙为度。如果牙周健康，牙齿间的缝隙较小，有牙间乳头覆盖时，切不可用牙签强行进入，否则不仅会损伤牙龈，还会形成牙间隙，应验了“牙缝越剔越大”的说法，同时也使清洁的难度加大，形成恶性循环。 其次，牙签要正确使用。应以45度角进入牙间隙，尖端指向咬合面方向，并使牙签侧缘接触牙间隙的牙龈乳头，然后用牙签的侧缘刮净牙面，千万不可垂直强行插入，更不可向牙龈方向用力，否则会损伤牙龈。食物残渣剔除干净后，还要记住漱口。 再次，牙签更适合老年人用。因为老年人牙床萎缩，牙根暴露多，牙间隙大，用起来方便，并且效果好，而对于年轻人，牙间隙较小，牙周、牙床也没有出现萎缩现象，为防止牙间隙过大，最好使用牙线清洁。 虽然从表面上看，用餐后把塞在牙缝中的食物及时用牙签剔出来是好事，但是长期剔牙并不可取。 牙签的末端比较锋利，剔牙时很容易刺伤牙龈，引起出血，长期的刺激还可以使牙龈萎缩。牙间隙一般比较小，平时食物并不太容易塞进去，如果经常用锋利的牙签在牙缝中捅来捅去，即使方法正确，但是长期的、人为的机械刺激也会使牙缝增大，甚至会影响牙齿的稳固性。有关专家指出，长期用牙签剔牙弊多利少，饭后清除食物残渣提倡漱口刷牙。